معاونت پژوهشي موسسه شمس الشموس يكي از بخش هاي فعال و موفق شمس الشموس بوده است. اين معاونت با در نظر گرفتن نيازها و اقتضائات جامعه معاصر پژوهش هايي را در زمينه تاريخ اسلام، امور اعتقادي و اجتماعي، اسماء و صفات الهي، شخصيت هاي برجسته اخلاقي و عرفاني، مثنوي و ... انجام داده است كه حاصل اين پژوهش ها در قالب كتاب و پژوهش نامه منتشر گرديده و در دسترس عموم قرار گرفته است.